En 1852, cuando la fiebre del oro estaba en su apogeo, y el tráfico marítimo era creciente, la isla, en el medio del paso por el Golden Gate requería la presencia de un faro, que se inauguró el 1º de junio de 1854, el primero en la costa del Pacífico. La construcción original fue remplazada en 1909 por otra de concreto, de 25,6 metros de altura, que aún funciona. En 1963, cuando por decisión de Robert Kennedy se cerró la prisión, el faro fue automatizado y el último de sus guardianes dejó la isla. Continúa en actividad pese al incendio que sufrió en 1970.
Luego de que el fuerte en el lugar dejara de ser usado como tal, en 1907, la isla fue percibida como un lugar adecuado como una penitenciaría federal, y en 1934 se abrió con tal propósito. Pasaron por allí delincuentes difíciles, a los que se quería mantener aislados, como Al Capone, aunque se lo ubicó en una celda de aislamiento del hospital. La prisión nunca funcionó al máximo de su capacidad – 336 celdas- ni hubo ejecuciones.
Fomentada por la cinematografía, Alcatraz sigue presente en el imaginario popular, y desde hace tiempo se trabaja para preservar los edificios, las aves e interpretar la historia, para trasmitirla a los visitantes. Actualmente, es una reserva ecológica en evolución, y tiene una de las colonias más grandes de gaviotas occidentales de la costa norte de California.